Aunque algunos teóricos dicen que existe desde hace más de mil años, lo cierto es que la autonomía universitaria es una de las grandes conquistas de las democracias contemporáneas; sin su reconocimiento no existe democracia material, ni efectivo estado
democrático de derecho. La Universidad es el espacio del pensamiento universal, es la conciencia crítica de la sociedad, solo se debe al conocimiento y la verdad científica, no puede ser sojuzgada por una única visión ideológica, ni menos ser puesta al servicio de una particular postura intelectual o política.
La lucha por su cristalización ha sido larga y difícil. En Colombia su evolución ha dependido de los tonos ideológicos de nuestros gobiernos desde la primera mitad del siglo pasado: el gobierno liberal progresista de Alfonso López Pumarejo impulsó la Ley 68 de 1935; dicha ley determinó que el Consejo Directivo (hoy Consejo Superior) estaría compuesto por 9 miembros, con la participación de dos profesores elegidos por el cuerpo docente y dos estudiantes elegidos por los consejos estudiantiles.
Laureano Gómez (1950-1953) modificó la Ley 68 de 1935 otorgando una posición en el consejo superior a la iglesia católica y disminuyendo la representación estudiantil. Luego la Junta Militar expidió el Decreto 0136 de 1958, con el cual accedieron al Consejo Directivo representantes de la Iglesia y de los sectores industriales, comerciales y bancarios. En 1971 la lucha estudiantil llevó a que se aprobara el Programa Mínimo de los Estudiantes Colombianos que incorporó reivindicaciones tales como: abolición de los consejos superiores universitarios y creación de órganos provisionales de gobierno con representación mayoritaria de profesores y estudiantes y el establecimiento del sistema de elección democrática de autoridades universitarias.
Estas reivindicaciones se cristalizaron muy efímeramente en las universidades Nacional y de Antioquia -mediante la forma de cogobierno- y en la Universidad del Valle en los comités paritarios compuestos por profesores y estudiantes. Sin embargo, en 1972 fue desmontado el cogobierno y se inició un proceso dirigido al establecimiento del control total de las universidades por parte del Estado, paralelo al otorgamiento de poderes excepcionales a los rectores. En 1980 se expidió el Decreto 80 en cuyo art. 18 se reconoció la autonomía universitaria dentro de los límites de la Constitución y la ley. La Constituyente del 91 elevó a rango constitucional el principio de la autonomía universitaria y lo consagró en el art. 69 así: Se garantiza la autonomía universitaria. Las universidades podrán darse sus propias directivas y regirse por sus propios estatutos...
La Corte Constitucional ha señalado en reiteradas decisiones jurisprudenciales que la autonomía universitaria implica para las universidades públicas el ejercicio de dos tipos de libertades constitucionales en el cumplimiento de su misión, que no deben tener
interferencia alguna del Estado: autodirigirse (designar sus directivas) y autorregularse (regirse por sus propios estatutos).  Igualmente ha sostenido que dicha garantía constitucional se proyecta a su vez en tres ámbitos distintos, el académico, el administrativo y el presupuestal.
Ha dicho además la corte: “la garantía de la autonomía universitaria implica entre otras, que la universidad pública no forma parte de la estructura de la Administración ni de ninguna otra rama del poder público. En este sentido el Legislador ha dispuesto que las universidades son entes autónomos y se sujetan al régimen jurídico especial compatible con la autonomía universitaria...”
Es abundante la evidencia jurídica que define, desarrolla y defiende la autonomía universitaria en Colombia; ella ha sido respetada por todos los gobiernos, hasta ahora. Por eso es tan escandalosa la intentona de este Gobierno de desconocer un principio que es consustancial con nuestro ordenamiento democrático. La actitud del Gobierno no ha podido ser más errática y temeraria: el desconocimiento de los procesos legales y estatutarios mediante los cuales se designó a Ismael Peña como rector, comprometen de manera seria al presidente de la República, a la ministra de Educación y al ministro de las Culturas. Al presidente porque irrespeta la autonomía de la Universidad de Nacional para darse su propio gobierno. A la ministra de Educación porque tacha de irregular un procedimiento que ella misma avaló con su presencia y sus decisiones iniciales. Y al ministro de las Culturas por no entender que la obediencia ciega puede llevar a un alto funcionario a desconocer los valores de la legalidad y la democracia. Nos quedan los jueces.