Procedente de Europa y después zarpar de La Coruña y abandonar las Islas Canarias tras navegar diez mil kilómetros entre el 5 de junio y el 16 de julio de 1799, el polímata Alexander von Humboldt (1769-1859) en compañía del también naturalista y botánico francés Aimé Bonpland (1773-1858), llega al continente portando un amplio pasaporte con autorización de Carlos IV de España, para realizar un viaje de investigación en las colonias españolas del territorio americano. Habiendo olvidado llevar cinchona (quina) para la malaria y cargado de aparatos para observaciones geográficas, el insigne berlinés en su primer contacto bajo el cielo azul celeste del trópico, explora en las Antillas las aguas azul turquesa del Caribe.
El periplo por la actual Venezuela, Colombia y Ecuador que continuará por Perú, México, Cuba y Estados Unidos, se inició en la tierra firme de América pisando el puerto de Cumaná (Venezuela), debido a una epidemia a bordo que obligó a cambiar el destino de la nave, cuya primera etapa del viaje era Cuba. El naturalista prusiano -quien por sus vastos conocimientos fuera considerado el "Padre de la Geografía Moderna Universal"-, midió 37°,7 de longitud Oeste en El Salado; y después de dos meses en la costa oriental venezolana, con un castellano bien hablado, cargado de instrumentos y en compañía del naturalista francés, remonta el Macizo Oriental para penetrar el continente con el propósito de colectar y estudiar plantas, animales y rocas.
Mientras Bonpland continuaba por tierra desde Higuerote, Humboldt que pasaba a La Guaira emprende marcha hacia Caracas; allí se reencuentran para recorrer durante cuatro meses varios lugares, salir luego a los llanos centrales por la cuenca del Apure hacia las misiones y la Guayana venezolana, y continuar en mayo indagando el Orinoco hasta San Carlos de Río Negro en vecindades del parteaguas con el Amazonas. Seguidamente, ambos expedicionarios retornan por Angostura a Barcelona, donde concluyen el recorrido en noviembre de 1800. Van luego a Cuba, donde el americanista de treinta años de edad consolida parte de su ensayo político sobre la isla, evidenciando en sus escritos aversión por la esclavitud y anexando a su correspondencia herbarios y muestras geológicas, que despiertan interés científico en Europa.
Zarpa con Bonpland para regresar al continente por la Nueva Granada, en medio de una tormenta que los desvía al delta del Sinú, desde donde avanzan hasta Cartagena. Aunque el plan era ir a Panamá deciden cruzar la Nueva Granada por los Andes para bajar a Perú, por lo que remontan el Magdalena estudiando la biota y haciendo observaciones topográficas y astronómicas para el mapa del río hasta la Villa de Purificación. Luego de pasar por Mariquita constatando el verdor del trópico andino y la exótica fauna neogranadina, ascienden a Santa Fe mediando 1801, con el fin de visitar a Mutis y conocer las extraordinarias colecciones de la Expedición Botánica; entonces Humboldt quien utilizó las determinaciones astronómicas de Francisco José de Caldas y legitimó la contribución a la hipsometría del payanés, lo recomendó para que el sabio cadicense corresponsal de Linneo le encomendara el manejo del Observatorio Astronómico que proyectaba, reconociéndole sus conocimientos sobre geografía y clima.
Tras permanecer hasta septiembre de 1801 en la capital del virreinato, los expedicionarios que visitaron las salinas de Zipaquirá, el lago de Guatavita, el páramo de Chingaza y el salto del Tequendama, siguieron hacia el sur por el páramo del Quindío, donde además de paisajes con nevados, palma de cera y guaduales, visitan y registran lugares. Explorando el Cauca por las vertientes de la Cordillera Occidental y Central, y desentrañando los secretos del trópico andino anduvieron por Cartago y Buga hasta llegar a Popayán; luego de ascender al Puracé franquean los desfiladeros de Almaguer con destino a Pasto, conocen el Galeras y continúan por la sabana de Túquerres con dirección a Ibarra, logrando llegar a Quito en enero de 1802. De allí, explorando el andén Pacífico llegan a Lima en junio de 1802, donde cierran el viaje para regresar por agua a Guayaquil e ir a México, investigándolo al cruzar por tierra entre Acapulco y Veracruz (1803), para embarcarse pasar por Cuba para ir a Filadelfia, y retornar a Europa en junio de 1804.