El 24 de diciembre de 1941 se expidió un nuevo Código (el segundo) Contencioso Administrativo (Ley 167), normativa que repitió lo que el acto reformatorio de la Constitución 01 de 1914 había establecido en cuanto a conformación y período del Consejo de Estado: número de integrantes 7, dentro de los que se incluía el Primer Designado a la Presidencia de la República "para ejercer el Poder Ejecutivo", y quien lo presidía, y 6 vocales, éstos ya elegidos 3 por el Senado y 3 por la Cámara de Representantes por el sistema de cociente electoral, cada uno de los cuales tendría a su vez 2 suplentes para cubrir las faltas temporales o absolutas de los titulares, renovados por mitad cada dos años. Su elección, que debía ser confirmada para poder tomar posesión, se realizaba en los primeros 10 días de septiembre y la posesión debía hacerse ante el Presidente de la República el primero de diciembre inmediatamente siguiente a la elección, a partir del cual empezaba a correr el respectivo período de 4 años. Si no había suplente para ocupar alguna vacante, el Presidente de la República designaba interinos hasta que hubiese la elección en propiedad. Para entonces, al Consejo de Estado se le asignaban tanto funciones consultivas como administrativas y de naturaleza jurisdiccional.

Tres años y medio después, el Acto Legislativo # 1 de 18 de junio de 1945 mantuvo la consagración constitucional del Consejo de Estado (artículo 36), época para la cual el Presidente de la República daba las ternas a las cámaras legislativas para la elección de los 'Consejeros de Estado' para el mismo período de 4 años, renovados parcialmente cada dos años. Para este momento esa seguía siendo la denominación de sus integrantes, es decir, por parte alguna aparecía en el ordenamiento jurídico para los titulares de esa alta corporación el apelativo de 'magistrados', lo que vino a acontecer al cabo de los años con la Constitución de 1991. En cada terna debía incluirse un consejero principal que estuviera en el ejercicio del cargo. Cada titular tendría en lo sucesivo un solo suplente, y los consejeros interinos los designaba directamente el 'Gobierno'. En la misma reforma constitucional de 1945 se determinó que el Consejo de Estado se dividiría en salas o secciones, a fin de separar las funciones judiciales (contenciosas administrativas) de las demás que se le atribuyeran, y era el propio Gobierno el que distribuía los consejeros en esas salas o secciones en el número que determinara la ley que estuvieran conformadas, lo que seguía demostrando la influencia del poder ejecutivo.

Con la mencionada reforma de 1945 se incorporaron nuevos textos a la 'Constitución Nacional' (hoy se prefiere 'Constitución Política' por considerarse más técnico en el lenguaje Constitucional), relativos al Consejo de Estado, por ejemplo: 1) Que su presidente fuera elegido por la misma Corporación (ya no estaría más en su seno el Poder Ejecutivo que era quien lo presidía, y es una diferencia hoy con el Consejo de Estado Francés), para el período de un (1) año, pudiendo ser reelegido indefinidamente; 2) Se le determinaron clara y separadamente las funciones 'consultiva' (no judicial) de la 'contenciosa administrativa' (judicial). Igualmente le conservó la tarea de preparar proyectos de ley y de códigos para presentar al Congreso de la República, la de proponer reformas que fueran convenientes en todos los ramos de la legislación y la capacidad para darse su propio reglamento. Se constitucionalizó la competencia para que conociera de demandas por inconstitucionalidad de algunos decretos dictados por el Gobierno.

De igual manera la reforma de 1945 llevó por primera vez a canon constitucional la potestad de toda la jurisdicción contenciosa administrativa -a la sazón Consejo de Estado y Tribunales de lo contencioso administrativo-, para decretar la suspensión provisional de los actos administrativos con las condiciones (motivos y requisitos) que estableciera la Ley.