El final de la guerra implica definir también la suerte de los militares que en el contexto del conflicto armado pudieron cometer crímenes, a quienes sin lugar a dudas debe tratárseles, por lo menos, con el mismo rasero con el que se juzgarán los delitos perpetrados por los subversivos, lo cual surge del más elemental sentido de equidad y de una realidad política que bordea los límites de lo que en este tópico la sociedad colombiana está dispuesta a tolerar, básicamente porque no se percibe justo que a los que atentaron contra el Estado de derecho se les privilegie con laxitud y benevolencia mientras que a los que pudieron equivocarse al defenderlo, se les responda con severidad. Con el mismo rasero, pero con tratamiento diferenciado. 
Esa justicia especial que se concibió para nuestros militares les otorga un tratamiento radicalmente diferente al de los subversivos, que se concreta en que: 1) Los parámetros de este capítulo de la justicia transicional no fueron diseñados con participación de las Farc; 2) Las penas aplicables serán previstas luego de que finalicen las conversaciones de paz, no por los insurgentes sino por el Gobierno Nacional; 3) Se presume que todas las actividades desplegadas por ellos se caracterizaron por el respeto a la legalidad; 4) Los sitios de reclusión serán los dispuestos para ellos por el régimen penitenciario; 5) Frente a la integralidad y prevalencia del sistema allí se definirán la totalidad de los casos penales que tengan los militares, con independencia de que ya estén juzgados; 6) Dadas las características de órgano de cierre de la jurisdicción especial para la paz, las decisiones que adopte serán inamovibles, esto es, indiscutiblemente respetadas por todas las autoridades y por tanto no podrán ser removidas o dejadas sin efecto por órgano alguno; 7) Para evitar desbordamientos en relación con los altos oficiales no se presumirá su responsabilidad como consecuencia automática y exclusiva del mando que ostentaron, sino que se tendrán en consideración otros factores como el control efectivo de la conducta y los medios a su alcance para prevenirla; y, 8) Por el tipo de delitos atribuidos a los exmiembros de las Fuerzas Militares, su verdad y responsabilidad será individual y no colectiva porque, a diferencia de los subversivos, ellos no pertenecían a una organización que tuviera por doctrina atentar contra el orden jurídico, sino que pertenecían a las fuerzas constitucionales del Estado. 
Las medidas de justicia transicional concebidas para resolver la situación jurídica de los militares no fueron producto de la negociación con las Farc-ep, pero es innegable que surgieron al arrimo del proceso de paz, pues de otra forma serían impresentables e insostenibles, puesto que se identificarían con una impunidad vergonzosa y claudicante, ya que ningún gobierno de buenas a primeras podría perdonar los delitos cometidos por los militares, ni tampoco reducir sus penas, a menos que, como sucede en nuestra situación actual, cuente con poderosas razones vinculadas con la confección de un futuro mejor, en el marco de una justicia de transición. De la misma manera que terminado el conflicto se desdibujarían notoriamente las funciones de las penas impuestas contra los miembros de las Farc, sucede con los militares que cometieron delitos, puesto que sus acciones se explican exclusivamente en función de la guerra. 
Y, puede ser que ni a Human Rights Watch ni a las Farc-ep les guste el modelo de justicia transicional dispuesto para los militares que cometieron delitos en desarrollo del conflicto armado, pero su puesta en marcha es imprescindible para salir adelante en el noble propósito de la paz.